Aldomainra tett Drupal csak üres htaccess-sel indul (?)

Sziasztok, lehet, hogy teljesen amatőr kérdés, sajnos a Drupal szerver-oldali feltételeihez nem értek.
A tárhelyemre több Drupal-t tettem fel, külön könyvtárakba, külön adatbázisokhoz kapcsolva. Ezek közül valamelyik gond nélkül indult, más esetben viszont csak akkor sikerült telepíteni, ha a htaccess-t kiürítve tettem fel. Ezt szeretném elkerülni, elsősorban azért, mert a clean URL így nem működik. A szolgáltatóm nem hajlandó segíteni :-( Magamtól annyira jöttem rá, hogy az aldomain-ra tett Drupal-oknál van ez a gond. A teljes domain esetén viszont gond nélkül megy. Van ebben logika, vagy véletlenül alakult így?