Aboros olyasmit emlegetett, hogy ugye Drupal installkor alapból létrejön uid 0 = anonym, uid 1 = superadmin. Ez összesen két rekord. A db motor autoinclement mezője meg asszongya a következő user létrehozásakor: Mivel rekordok száma = kettő, legyen az azonosító 3.

Én saját modullal oldanám meg a következő módon:
1. a modulomban kialakítanám a form-ot úgy, ahogy írtad: név, tárgy, üzenet.
2. hook_nodeapival odaragasztanám a kommentezhető tartalomtípus view nézetének($op = view) végére a formomat(drupal_get_form)
3. a formban lenne egy hidden típusú mező is: ez tárolná a kommentezett tartalom NID-jét
4. ez a rejtett mező a NID-et az URL-ből szedné, mint default value (hisz az adott node oldalán áll amikor kommentezni tud)
5. a komment elmentésénél (form submit) elmentésre kerülne minden adat, és a NID, hogy melyik tartalomhoz lett írva
6. szintén hook_nodeapival az adott tartalomtípus view nézeténél beépíteném a kommentek listázását (NID alapján)
Valamerre erre indulnék, de ez csak ötlet, nem teljesen kidoglozott, és nem biztos hogy pontról pontra jó megoldás.

Ha nem akarod ennyire bonyolítani, akkor meg valahogy úgy csinálhatnád, hogy létrehozol egy tartalomtípust az újfajtas kommenthez, kialakítod CCK-val amilyenre akarod, plusz CCK-val kialakítod a NID mezőt is, írsz egy hook_form_alter függgvényt, ami kitölti a NID mezőt URL-ből szedett NID-del. És ha mindez megvan, a kommentezhető tartalomtípus linkjei($link) közé beépítesz egy új linket, ami erre az új tartalomtípusra mutat, mellette egy GET változóval, benne a NID-del (node/add/sajatkomment?nid=x).
Így persze kattint a node alatt a linkre, és át lesz dobva egy új oldalra, ahol kommentet írhat, és ha megírta, akkor majd átdobja az elkészült komment view oldalára (bár ez is lekezelhető a form_alterben) - szóval az első irány jobb szerintem.

http://drupal.org/project/beautytips
(nem próbáltam, csak tippelek)

Feeds tud importálni .csv-ből és beállítható az opció, hogy írja felül a node-ot ha már létezik.
Cikkszám lesz a unique azonosító, az alapján fogja azonosítani.