A modul is, meg én is $type='module'-ként adjuk hozzá a js-eket. Úgy, hogy az enyémnek adtam egy $scope = 'footer'-t, már működik is a dolog. Amúgy érdemes megnézni, hogy mi történik, valami callback-es történet van:

/**
 * Page callback for the bulk uploader.
 */
function plupload_upload_page($options = array()) {
  $path = drupal_get_path('module', 'plupload');
  drupal_add_js($path . '/plupload/src/javascript/plupload.js');
  drupal_add_js($path . '/plupload/src/javascript/plupload.html5.js');
  drupal_add_js($path . '/plupload/src/javascript/jquery.plupload.queue.js');
  drupal_add_js($path . '/plupload/src/javascript/plupload.flash.js');
  drupal_add_css($path .'/plupload/examples/css/plupload.queue.css');
</code> 

Igazad van, hogy valami nagy gyász van, szerintem az a modul, ami ezt az uploadert integrálja, egyáltalán nem is foglalkozik azzal, hogy akár fordításokat is kéne tudnia használni...

Ez a $scope-os megoldás így működik, csak még egy picit tovább kéne fejleszteni, hogy csak akkor adja hozzá a .js-t, amikor ténylegesen kell is (mert mondani sem kell, most minden oldalon megjelenik, ott is, ahol az uploader nem...) Van valami ötletetek, hogy ezt hogy lehetne?

Szerk.:
Köszönöm a segítséged István, végülis a page_preprocess lett a legjobb megoldás. Egy kicsit kellett kutakodnom, hogy mégis hogyan működik az, amit javasoltál, de miután betettem a modulomba, már azt is egyszerűen meg tudtam oldani, hogy csak akkor kerüljön be az új .js, amikor kell - és nem kell $scope = 'footer' sem. Perfekt :)